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Coordonnées

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SteveViss
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Publications

Analyses statistiques

Régressions, analyse en composantes principales, classification automatique, modélisation spatiale

Programmation scientifique

Base de données: PostgreSQL, SQLite

Analyse et visualisation de données: R (Shiny, R Markdown), Python, Julia

Bioinformatique

Métabarcoding (ADNe), génotypage (VCF), pipelines d’analyse reproductibles

Développement informatique

Développement backend: Springboot (Java), JOOQ (Java), NodeJS

Développement web: Vue, AngularJS, Jekyll

Orchestration: Spring Dataflow (Java)

DevOps / Infonuagique: Kubernetes, Docker, Helm, Terraform, OpenStack, Ansible, Salt, Vagrant, Jenkins

Langues

Français
Langue maternelle
Anglais
Niveau B2

Main

Steve Vissault M.Sc.

< + > Scientifique, passionné par les données

Bioinformaticien et développeur full-stack, M.Sc. en biologie, avec plus de dix ans d’expérience à l’interface de l’écologie, de la génomique et du génie logiciel. Je conçois des infrastructures de données, des pipelines d’analyse et des applications web qui rendent les données scientifiques accessibles, fiables et réutilisables.

Expériences Professionnelles

Développeur full-stack | Bioinformaticien

Genovalia - Université Laval

Québec, CA

Présent - 2026

Conception et déploiement de solutions orientées données en génomique non humaine

Bioinformaticien

Institut National de la Recherche Scientifique (INRS)

Québec, CA

Présent - 2025

Développement d’applications Shiny | Analyses de métabarcoding | Coordination de la Table sur l’ADNe du Québec | Rédaction de rapports et d’articles scientifiques

Consultant

inSileco Inc.

Sherbrooke, CA

2026 - 2023

Service-conseil en gestion de données | Développement d’applications web sur mesure | Assurance qualité, analyse et traitement de données

Gestionnaire de données

Environnement Canada

Québec, CA

2024

Conception d’une base de données sur des contaminants | Développement d’applications Shiny | Assurance qualité et intégration de données d’analyse en laboratoire

Scientifique de données

Omnimed

Cookshire-Eaton, CA

2023 - 2020

Gestion d’équipe selon les méthodes Agile (Scrum) | Exploration et traitement statistique de données clinico-administratives | Développement de produits orientés données (ETL / BI)

Professionnel de recherche | Bioinformaticien

Université de Sherbrooke

Sherbrooke, CA

2018 - 2016

Administration d’un laboratoire de recherche | Analyses statistiques et spatiales | Infographie | Développement web | Gestion de serveurs et de bases de données

  • Mangal.io - Développeur principal - Service web et outils permettant l’entreposage et l’analyse de réseaux écologiques (e.g. Plantes-Pollinisateurs)
  • Coléo - Développeur principal - Infrastructure informatique permettant l’entreposage et l’analyse de données de biodiversité

Bioinformaticien

Direction de la recherche forestière (MFFP) | Ouranos

Québec, CA

2014
(1 mois)

Architecture de base de données spatiales | Ingestion parallèle de 1 To de données sur superordinateur (Calcul Québec) | Séminaire

Assistant de recherche

Université du Québec à Rimouski

Rimouski, CA

2013
(3 mois)

Intégration multisource de données d’inventaires forestiers (É.-U. et Canada) | Analyse démographique des peuplements forestiers d’Amérique du Nord

Diplômes

Doctorat en bioinformatique

Université de Sherbrooke

Sherbrooke, CA

Non complété - 2019

Titre de la thèse - Suivre les changements de biodiversité à l’ère de l’Anthropocène. Automatisation d’approches statistiques reposant sur des données ouvertes afin de modéliser les changements de biodiversité.

Maîtrise en biologie

Université du Québec à Rimouski

Rimouski, CA

2016 - 2013

Approche par modélisation statistique et informatique
Mention d’excellence pour le mémoire Biogéographie et dynamique de la forêt tempérée nordique dans un contexte de changements climatiques

Baccalauréat en biologie

Université du Québec à Rimouski

Rimouski, CA

2013 - 2010

Concentration - Gestion de la faune et de ses habitats

DEC en techniques de bioécologie

Cégep de La Pocatière

La Pocatière, CA

2010 - 2007

Ateliers

Groupe de réflexion sur l’utilisation de l’eDNA au Québec

Organisateur

Québec et Montréal, CA

2026

Groupe de travail financé par Génome Québec et Génome Canada

Comment visualiser les changements de biodiversité?

Organisateur

N/A

2019 - 2017

Groupe de travail multidisciplinaire financé par le Centre des Sciences de la Biodiversité du Québec

Visualisation des données scientifiques

Organisateur

Mt. Saint-Hilaire, CA

2016

Atelier de 2 jours financé par le Centre des Sciences de la Biodiversité du Québec

Certification

Introduction au Design Thinking

Centre de formation continue - Cégep de Sherbrooke

Virtuelle

2023

Déploiement et utilisation responsable de l’intelligence artificielle

Programme d’éducation de l’AMII - Attestation

Virtuelle

2022

Calcul de haute performance (HPC)

École de printemps de Calcul Québec

Orford, CA

2014

Enseignements

Formation à la manipulation d’objets spatiaux avec R

Congrès EcotoQ

Québec, CA

Juin, 2026

Formateur et conception du matériel pédagogique

Formation au métabarcoding avec BARQUE

INRS

Québec, CA

Octobre, 2025

Formateur et conception du matériel pédagogique

How to make your scientific code accessible and reproducible using Git and Github?

Environnement Canada

Québec, CA

Avril, 2025

Formateur et conception du matériel pédagogique

Géostatistiques - Modèles spatio-temporels

GSFE01 - PR Stats

Winnipeg, CA

2019

Formateur et aide au montage du matériel pédagogique

Méthodes computationnelles en écologie

BIO500 - Université de Sherbrooke

Sherbrooke, CA

2019 - 2017

Assistant et aide au montage du matériel pédagogique

Introduction à la programmation scientifique

BIO109 - Université de Sherbrooke

Sherbrooke, CA

2017

Assistant et aide au montage du matériel pédagogique

Biostatistiques

BIO10091 - Université du Québec à Rimouski

Rimouski

2014

Auxiliaire d’enseignement

Publications scientifiques

Evaluation of satellite-based sea surface salinity derived from two distinct spectral domains over the coastal waters of the St. Lawrence Estuary and Gulf

Laliberté J., Guénard G., Dumas J., Galbraith P.S., Hall S., Trossman D.S., Vissault S.

N/A

14

Frontiers in Marine Science, 12 (2025) - doi:10.3389/fmars.2025.1672298

Mangal.jl and EcologicalNetworks.jl: Two complementary packages for analyzing ecological networks in Julia

Banville F., Vissault S., Poisot T.

N/A

13

Journal of Open Source Software, 6(61): 2721 (2021) - doi:10.21105/joss.02721

Global knowledge gaps in species interaction networks data

Poisot T., Bergeron G., Cazelles K., Dallas T., Gravel D., MacDonald A.A.M., Mercier B., Violet C., Vissault S.

N/A

12

Journal of Biogeography, 48(7): 1552-1563 (2021) - doi:10.1111/jbi.14127

Slow demography and limited dispersal constrain the expansion of north-eastern temperate forests under climate change

Vissault S., Talluto L., Boulangeat I., Gravel D.

N/A

11

Journal of Biogeography, 47(12): 2645-2656 (2020) - doi:10.1111/jbi.13978

Moderate disturbances accelerate forest transition dynamics under climate change in the temperate-boreal ecotone of eastern North America

Brice M.-H., Vissault S., Vieira W., Gravel D., Legendre P., Fortin M.-J.

N/A

10

Global Change Biology, 26(8): 4418-4435 (2020) - doi:10.1111/gcb.15143

Characterizing exposure to and sharing knowledge of drivers of environmental change in the St. Lawrence system in Canada

Beauchesne D., Daigle R., Vissault S., Gravel D., et al., Archambault P.

N/A

9

Frontiers in Marine Science, 7: 383 (2020) - doi:10.3389/fmars.2020.00383

Four decades of plant community change along a continental gradient of warming

Becker-Scarpitta A., Vissault S., Vellend M.

N/A

8

Global Change Biology, 25(5): 1629-1641 (2019) - doi:10.1111/gcb.14568

Mangal: An open infrastructure for ecological interactions

Vissault S., Gravel D., Poisot T.

N/A

7

Biodiversity Information Science and Standards, 3: e37037 (2019) - doi:10.3897/biss.3.37037

Our house is burning: Discrepancy in climate change vs. biodiversity coverage in the media as compared to scientific literature

Legagneux P., Casajus N., Cazelles K., et al., Vissault S., et al., Gravel D.

N/A

6

Frontiers in Ecology and Evolution, 5: 175 (2018) - doi:10.3389/fevo.2017.00175

Extinction debt and colonization credit delay range shifts of eastern North American trees

Talluto L., Boulangeat I., Vissault S., Thuiller W., Gravel D.

N/A

5

Nature Ecology & Evolution, 1: 0182 (2017) - doi:10.1038/s41559-017-0182

Changes in phytoplankton bloom phenology over the North Water (NOW) polynya: a response to changing environmental conditions

Marchese C., Albouy C., Tremblay J.-É., Dumont D., D’Ortenzio F., Vissault S., Bélanger S.

N/A

4

Polar Biology, 40(9): 1721-1737 (2017) - doi:10.1007/s00300-017-2095-2

Food-web structure of willow-galling sawflies and their natural enemies across Europe

Kopelke J.-P., Nyman T., Cazelles K., Gravel D., Vissault S., Roslin T.

N/A

3

Ecology, 98(6): 1730 (2017) - doi:10.1002/ecy.1832

mangal - making sense of biotic interaction data

Poisot T., Gravel D., Vissault S.

N/A

2

Biodiversity Information Science and Standards, 1: e19993 (2017) - doi:10.3897/tdwgproceedings.1.19993

Does probability of occurrence relate to population dynamics?

Thuiller W., Münkemüller T., Schiffers K.H., et al., Vissault S., et al., Schurr F.M.

N/A

1

Ecography, 37(12): 1155-1166 (2014) - doi:10.1111/ecog.00836

Logiciels

rmangal: ‘Mangal’ Client (R package)

Vissault S., Cazelles K., Bergeron G., Mercier B., Violet C., Gravel D., Poisot T.

N/A

2019

CRAN - doi:10.32614/cran.package.rmangal

STModel-Simulation: State Transition Model

Vissault S., Talluto L., Desjardins-Proulx P.

N/A

2015

Zenodo - doi:10.5281/zenodo.28215